Enfant, Yukio avait coutume de jouer au parc avec une fillette accompagnée de son père. Des années plus tard, il apprendra avec effroi que cette famille était aussi la sienne ; il perdra alors un père pour la seconde fois.

En 1923, pour échapper aux violences japonaises, une jeune Coréenne est cachée sous un nom japonais et confiée au prêtre Tsubame. Son histoire et son impossible réconciliation avec elle-même sont l'occasion d'une réflexion sur l'identité perdue.

A la saison des lucioles, lorsqu'elle rend visite à sa grand-mère, Tsubaki est loin de se douter que celle-ci lui confiera bientôt le secret qui ronge sa vie depuis cinquante ans, incapable qu'elle fut de le révéler à son mari. Etudiante en archéologie, Tsubaki apprend à travers cette confession les lois cruelles de la vie : l'innocence et la naïveté des jeunes filles sont souvent abusées par les hommes de pouvoir et d'expérience, et leur destinée s'en trouve à jamais bouleversée.

Après un premier mariage raté, Kenji Takahashi découvre qu'il est stérile. Accablé, il quitte la maison familiale. Seule compte encore pour lui sa nurse, Sono. Lorsqu'il fait la connaissance de Mariko, qui vit seule avec son fils, Yukio, il en tombe amoureux et l'épouse contre l'avis de ses parents, qui le déshéritent.
Quarante-six ans plus tard, retraité et affaibli, il recherche les traces de Sono. Au moment où il retrouve sa tombe, sur laquelle est inscrit le nom de la fleur de myosotis (wasurenagusa), il découvre le secret de ses origines et le malheur qui a frappé ses parents.